SMA Kristen Petra 2 berdiri pada tanggal 1 Agustus 1955, di Jalan Embong Wungu 2, Surabaya. Pada tahun 1969, SMA Kristen Petra 2 pindah ke Jalan Kalianyar Wetan, Surabaya. SMA Kristen Petra 2 menempati lokasi tersebut selama selama sepuluh tahun. Tanggal 3 Desember 1979, pembangunan gedung baru di Jalan Manyar Tirtoasri 1—3 dimulai, dan kemudian diresmikan pada tanggal 9 Agustus 1983. Mulai saat itu, semua siswa pindah ke gedung yang baru di Jalan Manyar Tirtoasri Raya 1—3, Surabaya, hingga saat ini.

Simon Tanto, B.Sc.
(1980—1984)

Drs. Michael Utama P., M.Ed
(1984—1989)

Simon Tanto,B.Sc.
(1989—1996)

Drs. Singgih Widodo L.S.Pd.,M.Pd.
(1996—2002)

Dra. Victoria Yonathan Pujianto,M.Pd.
(2002—2010)

Dra. Cahyo Fajariati, M. Pd
(2010—sekarang)