Untuk menunjang kesehatan para siswa dan guru, SMA Kristen Petra 2 juga menyediakan fasilitas kesehatan seperti UKS/UKGS, yang bertujuan menjaga kesehatan gigi para siswa. Pemeriksaan kesehatan dilakukan oleh tenaga dokter yang profesional, dan pemeriksaan kesehatan juga dilakukan secara umum oleh dokter-dokter yang berpengalaman. Pemeriksaan secara menyeluruh, dilakukan secara rutin oleh tenaga profesional yang dibantu oleh perawat-perawat yang andal.

Ruang kedap suara ini diperuntukkan bagi para siswa yang menekuni bidang musik modern. Dari ruang ini, telah banyak dihasilkan pemusik-pemusik andal tingkat SMA di Kota Surabaya.

Laboratorium kimia ini dilengkapi dengan fasilitas penunjang laboratorium, yaitu LCD projectordan komputer yang merupakan pendukung proses pembelajaran berbasis IT. Laboratorium ini dipergunakan untuk menguji hasil pembelajaran teori. Keterampilan para siswa akan tampak sejauh mana mereka memahami teori yang telah didapatkannya di kelas. Laboratorium ini ditangani oleh tenaga profesional, sehingga sangat membantu siswa yang sedang mengadakan praktikum di laboratorium ini.

Untuk menambah kemampuan dan keterampilan siswa dalam berkomunikasi dengan menggunakan bahasa Inggris, SMA Kristen Petra 2 melengkapinya dengan laboratorium yang di desain khusus. Di laboratorium ini, para siswa dapat berlatih mendengarkan percakapan menggunakan bahasa Inggris, maupun berlatih berdebat antarkelompok yang dibentuk oleh guru. Fasilitas yang lengkap akan mampu mewujudkan harapan tersebut.

Laboratorium fisika adalah salah satu bagian dari laboratorium IPA, sebagai salah satu fasilitas yang ada di SMA Kristen Petra 2. Siswa dapat melakukan pengamatan dan percobaan terhadap objek yang dipelajari, dengan menggunakan alat bantu yang tersedia di laboratorium fisika. Laboratorium ini adalah salah satu sarana pendidikan fisika, yakni wadah yang dapat digunakan sebagai tempat berlatih. Siswa dapat berhubungaan langsung dengan objek yang dipelajari, baik pengamatan maupun melalui percobaan-percobaan. Selain itu, laboratorium ini juga merupakan tempat pembelajaran fisika, Dengan fasilitas ini, diharapkan para siswa mampu menunmbuhkembangkan keterampilan dan menganalisis hasil percobaan, sehingga para siswa dapat mengambil kesimpulan logis dari hasil pengamatan dan percobaan yang dilakukan.

Laboratorium ini dipersiapkan untuk mempraktikkan pelajaran biologi yang diperoleh secara teoritis di kelas. Laboratorium yang dilengkapi dengan fasilitas yang memadai, mulai dari mikroskop terbaru yang dapat mentransfer data pengamatan ke komputer multimedia, sehingga (secara visual) dapat membantu pemahaman siswa tentang materi yang didapat di laboratorium ini.

Salah satu fasilitas yang dimiliki dan menjadi tempat favorit bagi siswa dalam mencari tugas yang diberikan oleh para guru. Ruang ini dibuat senyaman mungkin dengan tujuan, agar saat mencari tugas di internet, mereka dapat dengan cepat mendapatkan informasi tersebut. Ruang ini dilengkapi dengan dua puluh set komputer yang memiliki akses internet yang maksimal.

Kantin merupakan fasilitas yang selalu ramai dikunjungi oleh siswa saat jam istirahat. Beberapa stan kantin tersedia di sekolah ini, dan dikelola secara profesional dengan berbagai macam variasi masakan dengan harga yang terjangkau. Makanan dan minuman yang sehat selalu tersedia di tempat ini, dan terjamin kebersihan serta kesehatannya.